Les dues fases de pagament han estat establertes segons el concepte de despesa. La que s'ha d'aplicar de forma imminent és la primera, que fa referència a les despeses següents:

• Concerts sanitaris, educatius i de serveis socials.
• Convenis de col·laboració que tinguin per objecte actuacions a canvi d'una contraprestació econòmica (per exemple, els convenis amb els col·legis oficials de farmàcia)
• Pagaments a entitats sense ànim de lucre i amb fins socials, que haurien d'haver estat satisfetes amb anterioritat a 31 de desembre de 2012, en l'àmbit de la infància, la discapacitat i la tercera edat.
• Subvencions per fer activitats de recerca i també a entitats inscrites en el registre de centres tecnològics i centres de suport a la innovació del Ministeri de Economia i Competència
• Transferències a entitats locals obligades amb anterioritat a 31 de desembre de 2012
• Proveïdors universitaris
  

La segona fase prevista pel Ministeri d'Hisenda està encara pendent d'aprovació per la Comissió Delegada del Govern per a Afers Econòmics. En aquell moment s'establirà la tipologia de les factures, el procediment d'inclusió i acceptació, i els corresponents terminis, encara pendents de determinar.

1. Tràmit de consulta

Els deutes comunicats per l'Administració creditora es poden consultar en el web de la Generalitat de Catalunya (Consulta de l'estat de pagament dels documents). Cal fer un clic al desplegable "Altres entitats", seleccionar "Pagament de proveïdors de comunitats autònomes mitjançant FP" i fer clic al botó "Cercar".
També es poden consultar a la plataforma de l'AEAT (Pagaments a proveïdors dels ens locals i les comunitats autònomes).
En ambdós casos, caldrà utilitzar el certificat digital de l'entitat per poder accedir a la informació.

2. Tràmit d'acceptació

L'entitat beneficiària, un cop consultada la relació de pagaments comunicats, ha de fer obligatòriament aquest tràmit, des de la pàgina web de l'AEAT, a l'apartat "Acceptació proveïdors". Novament, per poder accedir caldrà utilitzar el certificat digital de l'entitat.

3. Tràmit de sol·licitud del certificat individual

Si l'entitat beneficiària, en fer la consulta, s'adona que algun dels cobraments pendents que per la seva naturalesa corresponen a la primera fase no han estat inclosos a la relació, pot demanar que s'incloguin, mitjançant la sol·licitud d'un certificat individual.
Per fer-ho, cal utilitzar un model normalitzat de sol·licitud, que cal adreçar de forma presencial a l'òrgan amb el que ha donat lloc al dret de cobrament. Si són factures que corresponen a diversos òrgans contractants, s'ha de fer una sol·licitud per cadascun d'aquests òrgans.
L'administració disposa de 10 dies hàbils a partir de la data del registre per resoldre la sol·licitud. El mes d'agost es considera inhàbil.
El silenci es considera negatiu, és a dir, si no es rep contestació es considerarà rebutjada.